出来ます。和式トイレの場合、ほとんどが壁や床がタイルで仕上げられていると思います。
そのタイルをはつり（壊す、はがす）して便器を撤去し、下地を造ります。
そして、クロスや床材で内装を仕上げてから便器を取り付けて完成です。
トイレが１ヶ所しかないお宅でも仮設トイレを設置して工事を行いますので、安心して下さい。